Durante la vigilia existe un aumento de la actividad simpática, así como un aumento de los impulsos nerviosos a los músculos esqueléticos para aumentar el tono muscular. La falta del ciclo sueño-vigilia en el sistema nervioso central no produce daño a los órganos del cuerpo en cualquier punto por debajo del encéfalo. Por otro lado, la falta de sueño provoca alteraciones funcionales en el encéfalo.

La vigilia prolongada está asociada con alteraciones en el sistema nervioso. Donde se puede apreciar:

+ Un creciente entorpecimiento del pensamiento.

+ Sensación de cansancio.

+ Fatiga.

+ Dificultad en la percepción y concentración.

+ Imposibilidad de mantener cualquier actividad de forma ininterrumpida.

+ Somnolencia diurna.

+ Cefaleas matutinas.

+ Perdida de la memoria.

Las mujeres afirman que acostarse más tarde que de costumbre puede afectar la libido a la noche siguiente. La posible razón es que durante el sueño bajan los niveles de cortisol, una hormona relacionada con el estrés. La falta de sueño provoca una acumulación de esta hormona, lo cual puede afectar el bienestar de la mujer y, posiblemente, su apetito sexual.

También parece que durante el sueño paradójico hay síntesis de proteínas íntimamente relacionadas con la consolidación de la memoria del individuo.

Durante el sueño se reduce grandemente la visión, oído, paladar, olfato y tacto. Hay una marcada disminución de las funciones reflejas, inhibiéndose los reflejos condicionados y debilitándose los condicionados. Se reducen la secreción de orina.

El sueño nocturno coincide con el periodo de mayor descanso de la temperatura en el cuerpo (4:00 a.m.). Aunque los músculos están relajados, hay algunos que conservan cierto tono como los esfínteres del recto y la vejiga urinaria, los del parpados y los de la mandíbula.