En determinados casos, es fácil apreciar como el niño adquiere un papel protector del progenitor al que siente como más débil, "el perdedor o el abandonado", ejerciendo una función defensora que no le corresponde.

Esta función puede llevarle incluso a rechazar cualquier contacto con el otro progenitor, justificando su postura ante todas las instancias que le pide explicaciones, incluido el Juez.

Por otra parte, los menores envueltos en una situación de ruptura familiar conflictiva sufren una aguda sensación de shock, de miedo intenso, teñido todo ello por un sentimiento de profunda confusión, con consecuencias negativas a nivel psicoemocional y conductual. Estos menores presentan, con frecuencia, sentimientos de abandono y culpabilidad, rechazo, impotencia e indefensión, inseguridad, así como estados de ansiedad y depresión y conductas regresivas, disruptivas y problemas escolares.

La idea de que el interés de los hijos sea primordial y que el mejor progenitor sean ambos padres, tiene un efecto perverso: si los padres no se entienden, el conflicto en él que se juega la tenencia de los hijos, se lleva adelante en los tribunales y degenera en una guerra en la cual cada uno intenta demostrar que el otro es un mal padre.

En caso de separación, es natural preocuparse cuando los hijos van a visitar por primera vez al otro progenitor. En el comienzo los desvíos son frecuentes, como el decir "Llámame en cuanto llegues", "Llámame si te da miedo, iré a buscarte", etc. Si el progenitor es psicológicamente frágil, la ansiedad puede crecer en vez de desaparecer, y se puede desencadenar el proceso de alienación.

El progenitor alienador es a menudo una persona sobre-protectora. Puede ser cegado por su rabia o puede animarse por un espíritu de venganza, provocado por celos o por la cólera. Se ve como víctima, tratado injustamente y cruelmente por el otro progenitor, del cual se quiere vengar haciéndole creer a los hijos que el otro tiene toda la culpa