En el rechazo secundario, tras la ruptura, los hijos mantienen relación con el progenitor rechazado hasta que un día deciden romperla. Las situaciones que se dan son:

• Existe un conflicto larvado entre los progenitores, que surge cuando deben negociar algún aspecto nuevo relacionado con sus hijos: un cambio de colegio, unas pautas educativas, un cambio en el régimen de visitas, una modificación de la pensión, etc.
• Los hijos sienten las continuas descalificaciones mutuas que sus progenitores se hacen a través suyo. Al mismo tiempo "juegan" a darles informaciones contradictorias que generan mayor enfrentamiento entre ellos.
• Ambos progenitores describen cómo sus hijos deben "cambiar el chip" después de estar con el otro.
• Las visitas se convierten en algo tensional. El rendimiento escolar puede verse afectado.
• Pueden aparecer síntomas psicosomáticos.
• Los hijos deciden no volver a ver al progenitor rechazado bajo cualquier excusa: forma de cuidarles, desatención, malos tratos.
• Encuentran apoyo y comprensión en el progenitor aceptado.
• Cualquiera de los dos decide llevar el asunto al juzgado, pidiendo que los hijos hablen con el juez.
• El rechazo tiende a cronificarse.

Según lo define Gardner, el Síndrome de Alienación Parental (SAP) es una alteración que surge casi exclusivamente durante las disputas por la custodia de un hijo.  Su primera manifestación es una campaña de denigración contra un progenitor por parte de los hijos, campaña que no tiene justificación. Este fenómeno es el resultado de la combinación de una programación (lavado de cerebro) de un progenitor y en la que el niño contribuye con sus propias aportaciones, dirigidas al progenitor objetivo de la alienación.

Cuando aparece en el contexto de abuso parental real o negligencia la animosidad del niño puede estar justificada por lo que no sería aplicable el SAP para explicar la hostilidad del niño.